Les principes et règles de fonctionnement des Associations Départementales OCCE sont les mêmes qu’au niveau national. Les Associations Départementales (AD) sont, en majorité, de petites structures composées d’un salarié privé (ou deux) et d’un enseignant détaché ou mis à disposition.

L'animatrice ou l'animateur  départemental.e est chargé.e de mettre en œuvre, au niveau départemental, le projet fédéral adopté en Assemblée Générale.

Son fonctionnement est celui d'une association loi 1901 gérée par un bureau (président.e, trèsorièr.e, secrétaire) élu par un Conseil d'Administration Départemental (CAD). Les administratrices et administrateurs sont également élu.e.s par les adhérent.e.s (les élèves âgé.e.s d’au moins huit ans, les enseignant.e.s ou autres acteurs/actrices de l’éducation, militant.e à l’OCCE). Ces élu.e.s sont "renouvelables" tous les 3 ans et sont bénévoles. Le Conseil d’Administration Départemental se réunit au moins 3 fois par an, pour traiter des projets, budget, formations et de la mise en oeuvre du projet assocatif.

L'OCCE 46 fait partie des 101 associations départementales  qui forment la Fédération OCCE.